Nie sądzę, żeby stanowiło to problem.
Skoro paszport jest wystawiony na nazwisko panieńskie, to żona może spokojnie wylegitymować się nim na lotnisku (nazwisko w paszporcie będzie się przecież zgadzało z nazwiskiem widniejącym na bilecie). Wiza będzie natomiast wklejona do tegoż paszportu. Zmiana stanu cywilnego nie jest niczym niezwykłym i wiadomo, że zmiana dokumentów trochę trwa. Nie znaczy to, że dokumenty z nazwiskiem panieńskim nie są ważne.
Uważam, że żona powinna wypełnić wniosek wizowy zgodnie ze stanem faktycznym (tj. stan cywilny: "zamężna"), a - o ile pamiętam - we wniosku jest miejsce na wpisanie i nazwiska aktualnego, i nazwiska panieńskiego. Które z nich konsulat wpisze na wizie wklejonej do paszportu, to już chyba mało istotne.
Nie ma się co specjalnie martwić, przecież nie przymierzacie się do jakiegoś oszustwa, a tylko wzięliście ślub. Nic strasznego - nie ma powodu tego faktu zatajać.